سه‌تار به دلیل ظرافتی که این ساز دارد (در مقایسه با سایر سازهای ایرانی) بیشتر به تغییرات آب‌وهوا و به ویژه رطوبت حساس است. ساز باید در جعبه یا کاور ساز نگهداری شود. در صورتی که می‌خواهید ساز را در جایی آویزان کنید حتما به صورت عمودی، در اتاقی خشک (به دور از نور مستقیم آفتاب یا روبروی دریچه کولر) یا در کمد مخصوص نگهداری سازها (گنجه)، آویزان کنید. در محل نگهداری سه‌تار بهتر است همیشه یک کیسه کوچک رطوبت‌گیر قرار داده شود و سالانه آن را تعویض کنید. از وارد آمدن ضربه به کاسه سه‌تار جلوگیری کنید، چون احتمال ترک یا حتی شکستی کاسه ساز وجود دارد. همچنین هیچ‌گاه نباید به صفحه ساز فشار زیاد وارد شود چون در صدادهی ساز تأثیر می‌گذارد.

اگر هر روز با ساز تمرین نمی‌کنید و قرار است مدتی با ساز نواخته نشود، حتما در داخل کاور به همراه کیسه رطوبت‌گیر و به صورت آویخته یا کنج دیوار قرار دهید و سیم‌ها را شل کنید. اگر ساز قرار است در جایی خوابیده (افقی) باشد، حتما به پهلو، طوری که صفحه بر سطح زمین عمود باشد قرار دهید. هرگونه فشار اندک، اما یکنواخت و طولانی مدت به دسته ساز در جهتی که نباید فشار آید، موجب تاب برداشتن ساز می‌شود.

کوک ساز بهتر است نیم‌پرده پایین‌تر از نت دو طبیعی کوک شود یا هنگام کوک با دیاپازون، مبنای آن را 428 هرتز (بجای 440 هرتز کوک مبنا) تنظیم کرده و سپس سیم اول را دو کوک کنید.